警察无法完全应对的世界规模治安危机，导致了一种新职业——武侦的出现。武侦，即在法律框架内(不排除少数例外)，解决个人或组织的委托，弥补警察的不足，维护社会和平的武装侦探。而本故事，就发生在那样一个时代的武侦培养学园——东京武侦高。 　　一直向往普通人的平静生活，期望尽快从东京武侦高转走的少年——远山金次，有个自初中(神奈川武侦高附属中学)毕业后一直隐藏的秘密。然而，渴望平静的他，却在一场骇人的自行车劫持事件中，邂逅了自此将改变他人生轨迹的人物——神崎·H·亚里亚。 　　金次的秘密究竟是什么？神崎·H·亚里亚究竟是何方神圣？金次将被这娇小可爱但性格凶暴的粉发少女带往何方？

东京武侦高校，是培育行使武力的侦探——通称“武侦”的特殊教育机关。那里有着被称作“战姐妹”的前辈后辈一对一长期训练制度。在与憧憬的最强武侦亚里亚前辈结下了战姐妹契约后，吊车尾的最弱武侦明里，用她那小小的手拿起了枪。